Прошло больше года после событий фильма «Звёздные Врата – Континуум». Атлантида вернулась в галактику Пегас, команда SG-1 всё также отправляется на задания в отдалённые миры в поисках жизни и новых цивилизаций. Гоа улды сломлены и побеждены, Ковчег истины открыл приорам правду и остановил бессмысленный крестовый поход. Война в галактике продолжается. Доктор Джексон сбегает с корабля Ра с важной информацией. А генерал Лэндри узнаёт, что Древний изобретатель по имени Янус создал мощнейшее оружие, способное раз и навсегда покончить с любой угрозой. Но, чтобы найти его потребуется не только время, но и терпение.